Das beim Tode Mozarts von Amts wegen angelegte Nachlassverzeichnis sowie die Familienkorrespondenz gewähren Einblicke in Mozarts Bücher- und Notenschrank. Es sind jedoch nur sehr wenige Exemplare erhalten, die tatsächlich aus seinem Besitz stammen.
Um einen direkten Einblick in Mozarts Lektüre zu ermöglichen, sammelt die Bibliotheca Mozartiana systematisch Parallelexemplare zu Büchern, die Mozart einst in seinem Besitz hatte (nach Möglichkeit werden genau jene Ausgaben erworben, die Mozart besessen hat).
Für die Rekonstruktion wurde vor allem der von Martin Staehelin und Ulrich Konrad erstellte Katalog Allzeit ein Buch: die Bibliothek Wolfgang Amadeus Mozarts herangezogen.
Die Bibliotheca Mozartiana besitzt darüber hinaus mehrere Bücher, die aus dem Besitz der Familie Mozart stammen.